Créé le 1er octobre 1976 par le décret n° 76.334, le Centre National de Recherches Pharmaceutiques fut réorganisé et rebaptisé Centre National d’Application de Recherches Pharmaceutiques par le décret n°92.468 en date du 22 avril 1992.

Le CNARP est sous la tutelle du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique du Gouvernement Malgache.